V Číně 16. století vládne dynastie Ming. Chaosu, který způsobila císařova politická čistka, zneužili eunuchové napojení na Řád templářů, chopili se příležitosti a pobili spojence Šao Jun, jež je nyní poslední čínskou asasínkou. Během jejího krvavého tažení za pomstou padne do pasti i mistr Wang Jang-Ming. Šao Jun mu spěchá na pomoc. Dokáže ale svému mistrovi zachránit život? Smrtelné nebezpečí číhá na každém kroku...
Všechny tyto vzpomínky jsou ukryty v DNA dívky Lisy, která žije v současné Jokohamě a je přímým potomkem Šao Jun. Lisa je postupně ovlivňována svým propojením s asasínkou a je vtahována do probíhající války mezi templáři a asasíny. Jakmile se Lisa stane svědkem dalších zásadních událostí ze života Šao Jun, je podrobena těžké zkoušce: musí zastavit šířící se zlo. Je ale dostatečně odhodlaná, aby to dokázala?